Um 1600 geriet die Stadt in eine Absatzkrise, weil der Fernhandel zusammenbrach. Die Wende leitete der Rat ein: Er machte die Stadt zum Zentrum der Gegenreformation. Die neu angesiedelten Kapuziner, Jesuiten und Karmeliterinnen brachten auch Impulse für die Wirtschaft. Mit dem Einmarsch der Franzosen im Jahr 1794 verlor Münstereifel seinen Status als Mithauptstadt im Herzogtum Jülich. Die geistlichen Institutionen wurden aufgehoben, ihr Besitz versteigert.

Nach dem Übergang an Preußen stagnierten im 19. Jahrhundert Wirtschaft und Bevölkerungszahl. Dadurch aber blieb das attraktive Stadtbild erhalten – und Münstereifel richtete ab 1881 sein Augenmerk auf den Tourismus. Eine Entwicklung, die der Anschluss an das Eisenbahnnetz und der Ausbau zum Kneipp-Heilbad förderten.